Magnolia permette la configurazione del prodotto sulla base di modelli di configurazione.
Un modello di configurazione è costituito da un insieme di caratteristiche che permettono, una volta valorizzate, di rappresentare un particolare articolo. In questo modo è possibile rappresentare con un'unica distinta base un insieme di prodotti con caratteristiche simili ma valorizzate in maniera differente (colore, dimensioni, materiali, ecc.).
Il risultato è che dall'ordine del cliente configurato si potranno esplodere direttamente i fabbisogni per la produzione, senza dover codificare una nuova distinta base. Inoltre se la configurazione determina un nuovo articolo, questo viene creato automaticamente dal sistema in anagrafica.